普通車AT免許を持っている状態で準中型免許を取得した場合はMTの

普通車AT免許を持っている状態で準中型免許を取得した場合はMTの普通車も運転できますか？

はい。準中型自動車免許があれば普通自動車は運転でき、準中型にはAT限定がつけられないので、MT車も運転できます。
よって、普通自動車免許をAT限定つきで所持している人が、AT限定を解除しないまま準中型自動車免許を取得した場合、既に所持している普通自動車免許についているAT限定の滋養兼は無意味となるので、自動的に解除されます。

お考えの通りです。
準中型免許の取得を以て、これまで持っていた普通免許に付いているAT限定は当然に解除となります。

出来ます。AT限定解除扱いになります。