MT免許取得とゴールド免許についてです。 - つい先日、初めての免許

MT免許取得とゴールド免許についてです。
つい先日、初めての免許更新をして緑色免許からブルー免許になりました。緑色免許の時に1度も違反しなかったので、あと3年無違反で過ごしたらゴールド免許になるということは分かりました。
現在AT限なのですが、MTを取り直すと免許は緑色に戻ってしまいますか？ゴールドを目指したいのでリセットされるならいつか点数切られてしまってからにしようと思っています。

質問者さんは、AT限定免許とMT免許が別の免許であると誤解しているようですが、MT免許などと言うものは存在しません。ただ、普通自動車免許に、AT限定がついている人といない人が居るだけで、ついてない人の免許を俗に「MT免許」と呼んでいるだけです。
質問者さんの場合は、今のAT限定付き免許を放棄して、新たにMT車が運転できる免許を取得し直すのではなく、今持っている免許についているAT限定を「限定解除」する、と言う手続きを取ります。この場合、免許証を新しく作り直すことはせず、裏面に限定解除の文言が追記されるだけです。よって免許証の帯色は変わりませんし、有効期限もそのままです。ゴールド免許に必要な「5年の免許歴」には、限定解除の有無は問われませんので、限定解除をしても何も変わりません。
なお、免許証の帯色がグリーンなのは最初だけです。一度でも更新または併記(他の種類の免許の追加)をするとブルーになり、グリーンに戻ることはありません。

一度青色へと変わった運転免許証は、二度と緑色に戻ることはありません。つまり、緑色の運転免許証はごく限られた期間だけの珍しい色だといえるのです。
AT限定免許でMT車免許にする場合は取り直しではなく 限定を解除するだけですので また一から学科も実地のすべてやり直すことではないです

限定解除になるだけなので免許証の色とは関係ありません

MTを取り直す、のではなくAT限定解除を行うことになります。
基本的に免許の条件変更や上位取得の場合、免許証の取得期間はそのまま続きますので緑に戻るなんて事はありません。
なお、上位免許を取得した場合はその日時点を基準に過去5年の事故違反記録を参照して金色かどうかを判断しますが、条件変更は免許裏面に追記するだけですのでそのまま行けばお考えの通り次回更新時に金色に変わります。

ならないでしょう