普通免許取ってたらバイクの免許とか取る時学科免除になると聞いたのですが教習所

普通免許取ってたらバイクの免許とか取る時学科免除になると聞いたのですが教習所でする学科が免除になるだけで免許センターではちゃんと学科試験ありますよね。

いいえ、既に普通免許をお持ちなので学科試験は免除となります。
学科試験が免除になる方に対して学科教習しても意味が無いので、学科教習は試験と無関係な専門単元(二輪免許の場合は危険予測と2人乗りの基礎知識)のみ行われます(技能教習とセットです)

普通二輪免許・大型二輪免許・普通免許・準中型免許・中型免許・
大型免許・大型特殊免許・牽引免許の第一種免許の学科試験は
共通なので問題及び授業は、同じなのです。
従って、その範囲から出題されますし、上記何れか1つの免許を
取得していれば、他の免許取得時には、
仮免含め学科試験は免除なので免許センターでの試験は、
公認教習所の卒検を合格していれば技能試験も免除なので
残る試験は、適性検査のみです。

どちらも同格の免許種であるため、どちらを先に取ろうが、効果測定だの仮免学科だのも含め試験場での学科試験は免除になります。
１～２時間の学科がありますが、試験には関係ありません。
つまりあとに取得するほうは技能教習に専念できます。

免許センターでの学科試験も、免除になるんですよ。

教習所は学科は１時間（危険予測）のみで後の分は免除です。
この１時間は飛び入りでも受けなければなりません。
学科試験は免除されます。
原付・小特を除く一種免許の学科は共通となっています。
（運転操作の技術ではなく運転に必要な知識の試験だから）
そのため普通免許があれば二輪の運転に必要な交通法規などの【知識】については当然に持っているものとして免除されます。
もし学科試験受けて落ちたら「こんなやつに免許与えてていいのかー！取り消せー！」という問題が生じます。
なお、二輪→普通免許の場合は学科教習２時間で学科試験はやはり免除です。

通常の免許試験では・・・
学科と実技ですが・・・
学科は1種学科試験と2種学科試験しか有りません
（原付の学科とかも有りますけど・・・）
なので普通自動車を持ってれば、1種学科には合格してます
なので今後の1種免許では学科は免除です。
2種を受ける時に2種学科を受けます。