免許の本試験で学科が合格ならば適性検査に行くと思うのですが、

免許の本試験で学科が合格ならば適性検査に行くと思うのですが、例えば視力が基準に満たされなかった場合、学科試験からやり直しですか？

逆です適性試験が受からなければ、学科試験を受けられません。
視力でダメなら、学科試験を受けられないです。

適正検査やってから試験です。
視力が基準に見たなかった場合は先に進めません。

「免許の本試験で学科が合格ならば適性検査に行くと思う」
逆です。まず視力を含む適性試験をし、合格した人だけが学科試験に進めます。
もし何かの都合で先に学科試験を受けたとしても、その後の適性試験に不合格なら、その学科試験の合格は無かったことにされるでしょうね。本来「受けてはいけない」ものですから。

数年前に自分が受けた時は、適性検査→学科試験でした