免許の更新をした際に古い方を返してもらう予定なんですが、以前パンチ

免許の更新をした際に古い方を返してもらう予定なんですが、以前パンチ穴が空いていたと記憶しています。これって内蔵されてるICを破壊してるとかなんでしょうか?

都道府県によってさまざまです。
ICチップ上にパンチしている場合もありますし、そうでない場合もあります。
また、広島県は「絶対に回収。申し出があったとしても。」みたいです。

ICチップを壊してるわけではなく、見た目でその免許が無効である事が分かるようにしています。

チップを破壊させる目的じゃないと思いますよ。
昭和時代からパンチしてましたから、一目で期限切れを判断できることが目的なのでしょう。