免許の更新において講習区分が優良だったのでオンライン講習対象なのですが

免許の更新において講習区分が優良だったのでオンライン講習対象なのですが、オンラインでした場合は講習料の500円はかからないのでしょうか？

いいえ。タダでオンライン講習ができる訳では無いので、更新手続きの時にきちんと支払わされますよ。

免許証の発行手数料と一緒に払うとおもいます