大型特殊免許で普通自動車などを運転できないのはなぜでしょうか？普通

大型特殊免許で普通自動車などを運転できないのはなぜでしょうか？普通に考えたら大特は普通自動車の上位免許になりそうですが。

いいえ、質問者さんの「普通に考え」の中身がどんなものかは知りませんが、大特は普通の上位ではありません。試験項目が全く異なりますし、そのため教習項目も全く違いますからね。
どうしてそういう制度になっているのか、最初から上下関係をつけていても良かったのではないか、とは思いますが、その経緯は知りません。

私見ですが、
・日本の運転免許制度のかなり早い段階から別の系統の免許として分かれていたこと
・免許種類が変わってゆく中で、一度として特殊免許が普通自動車の上位免許とされたことが無いこと
あたりが理由な気がします。
それぞれ別のスキルの必要な、別の免許であるという考え方なんでしょうね。
試験でも
・大特は作業機の操作も必要だが普通免許にはない
・大特は指定速度30km/h、普通免許は40km/h
・大特は中折れ操舵や後輪操舵だが普通車は必ず前輪操舵
・中折れ操舵の車両は左右折や車庫入れが普通車より楽
(後輪操舵は普通車と逆なだけであまり変わらないけど)
などの違いがあり、必ずしも「大特が完全に上」とは言えないと思いますしね。

普通免許ありの人が大特を取る場合は6時間で取れますが、免許なしの人が大特を取る場合はもっと時間がかかるため下の方の回答は正解とは言えません。
単純に考えて上下関係がないためと思われます。
（操作方法が違う）

普通自動車は何十時間の教習が必要ですが、大型特殊免許は数時間の教習で取れます。
それだけしか教習していないので上位免許にはなりません。

構造もかなり異なる車ですので普通に考えたら上位にはあたりませんね。