もうすぐ免許を取ってから2回目の更新があったのですが、速度違反で捕まって

もうすぐ免許を取ってから2回目の更新があったのですが、速度違反で捕まってしまいました。
その場合更新したらまたブルー免許になるということでしょうか。

もう直ぐ更新なら・・・
タイミングによって今回の更新でブルーになるか、次回（５年後）の更新でブルーになるかです。
誕生日から４１日遡った日より前に違反をしたのであれば、今回の更新はブル―。次回の更新でゴールドが狙えます。
誕生日から４０日遡った日より後に違反をしたのであれば、今回の更新はゴールドになります。しかし次回（５年後）の更新はブルーになります。
たまにある話ですが、
誕生日から４１日遡った日より前で、その付近で違反した場合、警察内部の書類手続き（点数処理）が間に合わず、本来ブルーになるはずなのにゴールドの手続きになってしまう場合があります。５年後は当然過去５年からその違反は外れているのでゴールドになります。
違反したのにブルーにならなかったと言う事が偶に起こるそうです。

はい、そうなります。
データ上はその後1年間無違反なら消えますが、履歴は残ります。
点数は仕方ないにしても違反は納得いかないなら、反則金だけ納付しなくても良い手はある。