普通免許一年前に取得、先日、小型ATを取得して免許更新に行ったのですが

普通免許一年前に取得、
先日、小型ATを取得して免許更新に行ったのですが、係の人に免許更新いらないと言われ、この免許証のまま小型乗っていいんですか？って聞いたら大丈夫と言われました。
免許証の有効期限がまだ来年まであるため、今更新してもいいけど、別でお金かかるし来年来たらいいよと言われました。
普通免許取得してたら、原付に乗っていいと思いますが、もし小型に乗ってて警察に捕まった時免許証はあのままでいいんでしょうか？免許証になにも記載されてないまま乗って違反にならないですか？？
調べても、免許更新に行ってくださいって書いてあるので、おかしいなと思いわかる方にお聞きしたいです。

それ、更新ではなく併記ですね。
更新できる状況ではありません。
併記すれば小型二輪車を運転できますが、しなければ運転できません。

係の人に教習所の卒業証明書を見せましたか。
普通二輪(AT小型限定)を追加するには更新ではなく、免許センターで併記という手続きが必要です。
更新というと免許証の有効期限で更新時期を確認されますが、卒業証明書を見せれば更新ではなく併記であることが伝わります。もちろん普自二が追加されていなければ二輪車は無免許であり、運転することはできません。
併記は卒業証明書とそれまでの免許証を持っていけば、学科・技能試験ともなく、適性試験(視力検査)だけで新しい免許証が貰えます。

県警の本部で免許課、試験課に問い合わせに直接行って下さい。その時の担当者のお名前必ず聞いてメモして確認した方が間違い無いでしょう。

ハガキきた？

多分間違えていますね。ただ、その「係の人」の間違いなのか、意思の疎通ができずに質問者さんが間違えているのかはわかりませんが…。
質問者さんの免許証を見てください。下の種類欄に「普自二」の記載はありますか？。また、条件欄に「普通二輪は小型二輪に限る」はありますか？。質問者さんがきちんと併記の手続きを取っていれば、そうなっているはずです。それが無いなら、質問者さんはただ指定教習所を卒業しただけで、まだバイクを運転できる状態ではなく、運転をすれば無免許運転に問われ全てを失います。おそらく「無い」状態なのではありませんか？。
おそらく、質問者さんが「小型ATを取得して免許更新に行った」「調べても、免許更新に行ってくださいって書いてある」と書いてあるところが、誤解の根源なのだと思いますよ。運転免許の種類を追加する手続きは「更新」ではありません。質問者さんは、更新ではなく「併記」と言う試験の手続きをしないといけないのです。でも、更新と言う言葉を使ったので、係員の人に「まだ期限きてないから更新要らない」と勘違いをされたのだと思いますよ。