免許試験の問題で、本線車道とは、高速道路で通常高速走行する部分（加速車

免許試験の問題で、
本線車道とは、高速道路で通常高速走行する部分（加速車線、減速車線、登坂車線、路側帯、路肩を除いた部分）をいう。
これは~で、
自動車専用道路の本線車道で、特に最高速度の指定がないときは普通自動車の法定最高速度は60キロメートル毎時である。
これは~です。
本線車道が高速走行する部分ならば、普通車（三輪の自動車を除く）の最高速度は100キロメートル毎時じゃないんですか？

高速自動車国道で特に制限されていない場合の最高速度…100km/h
自動車専用道路で特に制限されていない場合の最高速度…60km/h
となっています。
高速道路と言ってもその中で「高速自動車国道」、「自動車専用道路」と区分されていますので、問題文ではどちらなのかは指定していません。
仮に問題1の答えが×の場合、除いた車線を全て含めて本線車道という意味になってしまいます。
切り離して考えましょう。
一般的には高速道路…高速自動車国道という認識がほとんどです。厳密には上記の認識が正しいですが。
自動車専用道路では、特に制限が無い限りは最高速度は60km/hになります。

1番目の問題は「本線車道」の用語定義の話で、2番目の問題は「自動車専用道路の本線車道」における法定速度の話です。高速自動車国道の本線車道の法定速度の話をしている訳ではありません。
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道路交通法 第2条 (定義)
この法律において、次の各号に掲げる用語の意義は、それぞれ当該各号に定めるところによる。
(略)
三の二 本線車道 高速自動車国道(略)又は自動車専用道路(略)の本線車線により構成する車道をいう。
道路交通法 第22条 (最高速度)
車両は、道路標識等によりその最高速度が指定されている道路においてはその最高速度を、その他の道路においては政令で定める最高速度をこえる速度で進行してはならない。
道路交通法施行令 第11条 (最高速度)
法第二十二条第一項の政令で定める最高速度（以下この条、次条及び第二十七条において「最高速度」という。）のうち、自動車及び原動機付自転車が高速自動車国道の本線車道（第二十七条の二に規定する本線車道を除く。次条第三項及び第二十七条において同じ。）並びにこれに接する加速車線及び減速車線以外の道路を通行する場合の最高速度は、自動車にあつては六十キロメートル毎時、原動機付自転車にあつては三十キロメートル毎時とする。
道路交通法施行令 第27条 (最高速度)
最高速度のうち、自動車が高速自動車国道の本線車道又はこれに接する加速車線若しくは減速車線を通行する場合の最高速度は、次の各号に掲げる自動車の区分に従い、それぞれ当該各号に定めるとおりとする。
一 次に掲げる自動車 百キロメートル毎時
(略)
ニ 普通自動車（三輪のもの並びに牽けん引するための構造及び装置を有し、かつ、牽けん引されるための構造及び装置を有する車両を牽けん引するものを除く。）
(略)
二 前号イからヘまでに掲げる自動車以外の自動車 八十キロメートル毎時
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本線車道の定義は微妙感がありますが、おおむね合ってます。（道交法第２条第１項第３号の２）本線車道とは高速道路、自動車専用道路の本線車線により構成される車道を言います。
自動車専用道路の本線車道の法令速度についても合ってます（道路交通法施行令第１１条）
「本線車道が高速走行する部分ならば、普通車（三輪の自動車を除く）の最高速度は100キロメートル毎時」この部分が間違えています。
最高速度を毎時１００ｋｍに定めているのは、高速道路の本線車道（対面通行区間を除く）とそれに接続する加速車線、減速車線のみです。（道路交通法施行令第１１条、道路交通法施行令第２７条、道路交通法施行令第２７条の２）
自動車専用道路の本線車道の法定速度（道路交通法施行令で定める最高速度）は毎時６０ｋｍです。

自動車専用道路と高速道路が合致しているとはかぎらないので、自動車専用道路の最高速度が、100km/h とは限らないのです。