本免試験に4回も落ちました。85,83,88,89点を取りました。

本免試験に4回も落ちました。
85,83,88,89点を取りました。1回目はまぁしゃあないって思ってましたが、3回目からさすがに様子がおかしいなと思い、今回は自信満々だったのに89点でした。
なぜ自信満々だったかというと、初回と同じ問題が出され、その時半信半疑だったりわからなかった問題をきちんと復習して臨んだからです。気休め程度の話ですが、90問中「正」が47、「誤」が43個、絵の問題も正誤のパターンが違くて、もし意図的に半々で丸バツを選んでるなら受かるでしょくらいに思ってました。
アプリもひたすらやってますし、間違えることもほぼなくなりました。常識問題も間違えた気がしません。だからこそ腑に落ちないのです。
ここまできて、自分はどこを治せばよいのでしょうか？マークシートの採点機に嫌われでもしてるんでしょうか…

アプリをひたすらやっても合格しないのであれば、そのアプリがダメというかあなたには合ってないのでは？
教本に戻り教本を完璧に理解しましょう。そうすれば受かります。

＞1回目はまぁしゃあないって思ってましたが
これが一番おかしい意識。

まず直すのは考え方ですね。
「90問中「正」が47、「誤」が43個、絵の問題も正誤のパターンが違くて、もし意図的に半々で丸バツを選んでるなら受かるでしょくらいに思ってました」
出題者が意図的に正誤の数を偏らせていたら、不合格確定なんですがその発想はできなかったですか？

「アプリもひたすらやってますし、間違えることもほぼなくなりました。」
問題と答えを丸暗記すりゃそうなりますが、言い回しを替えて間違えりゃ意味がないです。
無料のアプリだと法改正に対応していないどころか「正解」「解説」「問題」が不適切なものもあります。
「常識問題も間違えた気がしません」
ただの思い込みで、採点側からすれば「こんな常識問題を間違えるなんて合格したくないのか??」かもしれません。あくまでも「可能性」ですが。

「ここまできて、自分はどこを治せばよいのでしょうか？」
自分が正しいという思い込み。
書店で最新の運転免許問題集を購入して、法改正分の知識、考え方を含めて見直してみてください。

問題を読み直したりしてます？
結構時間が余ると思いますので、問題文を読み返してみましょう。

追い越し禁止場所として覚えておかなければならない場所は8か所ですが、すべて言えますか？
学科試験に合格できない人の質問には、必ずと言っていいほど、アプリ、満点様、MUSASHIをひたすらやっているというようなことが書かれている気がします。
問題を解くのは、覚えなければならないことをしっかり覚えることができているかの確認をする、覚えるのが不十分なところを見つけ出す、試験特有の日本語の言い回しに慣れる、これらが目的だと思います。
例えば、学校のテストで、「これらの問題の中から出題します」ということなら、全問正確できるようにすればいいんですが、運転免許試験はアプリ等の中から出題されるわけではありませんので、アプリの問題を繰り返し解いて全問正解できるようになっても、十分ではありません
学科教本で勉強して、覚えなければならないことをしっかり覚え、十分覚えることができたと思ったら、初めて解く練習問題を解いてみてください。
それで常に満点に近い点数が取れるようになっていれば、大丈夫ですよ。
試験でわからない問題があっても、学科教本のその場所を読めば、正解がわかるでしょう？
本免学科は1問1点の問題90問で90点ですから、そこで不正解を1～2問にとどめることができれば、イラスト問題を5問中1問正解するだけで合格点です。
実際のところ、不正解を1～2問にできる学力がついていれば、イラスト問題もほぼ正解できるのですがね。