普通自動二輪の免許を取得するために自動車学校に入校しようと思っていま

普通自動二輪の免許を取得するために自動車学校に入校しようと思っています。
そこでふと気になったのですが、学科の教習に47,000円ほどかかるので合格率は低いですが小型AT限定を一発で取得してから教習所に通うと学科免除になり47,000円から試験料を差し引いた金額分安くなるのでしょうか？少しでも安くしたいのでできるかどうかだけ教えてもらえると嬉しいです。

いくら安くなるかは、それぞれの教習所の料金システム次第ですが、質問者さんの場合「普通二輪を小型AT限定つきで取得した後、小型限定を解除する」と言う手続きになるので、学科免除を云々する以前に、取るべき手続きが違いますよ。
私の住所地近くの教習所だと…
・学科教習費の内訳は8万円とされている。
・無免許→普通二輪の教習コースは、18万5千円
・普通二輪小型AT限定つき→限定解除コースは、5万5千円
…なので、学科教習費の額以上に安くなります。
もっとも、一般試験(いわゆる一発試験)では、受験するごとに5千円程度の費用がかかるうえ、合格しても取得時講習を予約して受けないといけません。その費用も1万6千円ほどかかり、予約に数か月待つことも普通にあるようです。
また、技能試験は平日の昼間にしか受けられず、週イチか隔週の頻度でしか予約が取れません。そもそも練習しで受かるような甘いものでもありませんから、練習にも相応のコストをかける必要があるでしょう。素直に指定教習所に最初から通った方がいいと思いますよ。

一発を一発で合格すればそうなります。

一発から行くとそのとおりです

二輪の一発免許
試験は試験車の前に立った時点から、降車してバイクから手を離すまで行われ続けます。
何も知らない素人の方が一発で合格出来るとはおもえませんねぇ。

安くなりますけど、
普通二輪小型限定の一発を取れる自信があるのなら
普通二輪を一発で取った方がよいのでは？
ちなみに、普通二輪小型限定の一発試験の合格率は
10～20%だそうです。

安くなりますよ。常識の範囲内で一発免許合格出来れば。
でも免許取得のための手数料や一発試験料、手間を考えたらどうでも良いくらいの差にしかならないと思いますけど....