免許を取ろうとした時、普通自動車と普通二輪どちらが先でも後にと

免許を取ろうとした時、普通自動車と普通二輪どちらが先でも後にとる方の学科試験は免除されるのであれば、挑戦する順番は好みで考えていいんでしょうか？

はい、お考えの通りです。
大きな違いといえば、二輪が先の場合は学科試験が通算一回で済みます。

今はそうです。（昔は違った）