原付免許を取得してから1年以上、普通免許を取得してからは1年未満それで、原

原付免許を取得してから1年以上、
普通免許を取得してからは1年未満
それで、原付の運転での違反で3点
になったのですが免停など、大丈夫でしょうか
車では違反してません

停止処分は、免許の種類に関係なく、本人についた違反点数で判断します。最初は6点からなので、まだ3点なら対象ではありません。
初心運転者制度は種類別です。質問者さんは現在、普通自動車の初心者期間であり、原付の初心者期間ではありません。よって、原付の違反が3点に達しても、原付の初心者講習に呼ばれたり、原付の再試験に呼ばれたりすることはありません。

はい。