普通免許(準中型5トン限定)と普通自動二輪を持っています。今

普通免許(準中型5トン限定)と普通自動二輪を持っています。今後中型免許取得する予定があり現在は普通免許は裸眼で視力条件を満たしているのですが中型免許の条件はもしかしたら眼鏡が必要になるかもしれません。
普通免許は裸眼でOK、中型免許は眼鏡が必要となる場合、中型免許だけ眼鏡と言う条件になるのでしょうか？
また、そうなる場合の免許切り替えや更新時の視力検査はどのような流れになりますか？

その通りです。その場合は条件欄に「眼鏡等(中型、準中型に限る)」と記載され、準中型車以上の運転では眼鏡等が必要になりますが、普通自動車と自動二輪は条件から外れるので眼鏡等は不要です。
試験場の併記の手続きでは、まず最初に中型の基準で視力検査を含む適性試験が行われ、合格ならそのまま交付手続きに入り、写真が撮影され、新しい免許証が作られます。あくまで中型の併記の手続きなので、普通自動車の基準での視力の再測定はしないはずですね。
なお、中型を取得することで、質問者さんの準中型についていた5t限定は自動的に解除されます。そのため、もし今後に準中型以上に必要な視力が確保できなくなった場合、申請取り消しで現行の普通に格下げするしかなく、準中型の5t限定つきに戻ることはできません。

視力検査は深視力と言って、両目で立体的な空間把握能力を見ます。
条件についてですが、私の場合、「大二および普二については眼鏡等」となっております。深視力対象の免許種では片眼、両眼の視力も厳しく設定されています。
普通車や大型二輪などではメガネが不要という書き方です。

＞普通免許は裸眼でOK、中型免許は眼鏡が必要となる場合、中型免許だけ眼鏡と言う条件になるのでしょうか？＜
↑↑↑ その通りです。
併記後の免許証には5t限定準中型の条件が消え
新たに眼鏡等(中型に限る)の条件が記載されます。
＞また、そうなる場合の免許切り替えや更新時の視力検査はどのような流れになりますか？＜
↑↑↑ 併記後の更新の流れは
今までと基本は変わりません。
新たに適性検査に深視力検査が加わります。但しこの深視力検査が通らないと
時間があれば当日再検査又は日を改めて検査となり
それでも深視力検査が不合格なら中型免許は取り消しとなり
現行の普通免許に降格になります。