免許の更新に病気で行けない場合3から6ヶ月猶予がありますがそれを

免許の更新に病気で行けない場合3から6ヶ月猶予がありますがそれを過ぎると取り消しになりますか？

猶予はないです。
取り消しではなく、単純に運転免許が失効するだけです。

どんな理由があっても更新に猶予はなく、期限を過ぎたら失効します。また、別に取消になる訳ではありません。失効で無効になってしまうだけです。
そして、失効から6か月以内なら、あるいは「やむを得ない理由」がある場合は失効から3年以内なら、実質無試験で再取得ができる制度があるだけで、これは更新手続きではありません。この制度で救われない人は、最初から免許を取り直すことになります。
質問者さんが言う「病気で行けない」の事情が「やむを得ない理由」にあたるかどうかですが、基本的には入院で外出できない状態でないと認めてもらえないでしょう。