3ヶ月無事故無違反だと点数がリセットされる仕組みだと思います。例えば4月9日に

3ヶ月無事故無違反だと点数がリセットされる仕組みだと思います。
例えば4月9日に違反をして仮に2点ついたとします。3ヶ月後は7月9日。
運転免許証が7月10日まで有効だとします。
7月9日までに免許更新をすると、違反者の講習も受けないといけないはずですが、7月10日に免許更新した場合、違反者の講習は受けず、無事故無違反の人たちと一緒の講習を受けられることになるのですか？

2年を無事故無違反で過ごした人が軽微な違反をした場合、3月を無事故無違反で過ごせば、その点数は累積しない、累積計算に含めなくなりますよという点数計算上のルールに過ぎず、違反の事実が消えるわけではありません。
更新時の運転者区分は違反の事実(違反をしたこと)に基づきますので、点数が累積するかしないかは一切関係ありません。

複数の誤解をしています。
まず、3ヶ月の無事故無違反で違反点が
消える条件は、
■3点以下の軽微違反であること
■違反以前2年以上無事故無違反であること
です。
次に免許更新時ですが、
手続き時の違反点は全く関係ないです。
免許更新時には、免許更新年の誕生日
5年41日間での違反歴が影響します。
そして違反歴は消えませんから。
違反点が消えた違反の履歴でも
更新時には違反歴として影響します。

3か月なんて聞いたことありません、一年間のハズですが・・・・

無事故無違反の人たちと一緒の講習にはなりません。
免許更新区分は過去5年間の違反歴で決まるので、更新時の累積違反点数は関係しません。あくまで過去の違反歴にのっとって区分が決まります。

★免許更新区分は以下の通りです
※5年間とは更新区分が決まるのが誕生日の40日前なので、更新年の誕生日の41日前から過去5年間になります。
優良運転者講習(講習時間30分)
・免許を取得して5年以上で過去5年間無事故無違反の方
一般運転者講習(講習時間60分)
・免許を取得して5年以上で過去5年間に3点以下の違反1回の方
違反運転者講習(講習時間120分)
・過去5年間に3点を超える違反または2回以上の違反をした方
初回更新者講習(講習時間120分)
・免許を取得して5年未満で無事故無違反または3点以下の違反1回の方

どちらも違反者講習ですよ。