財布と共に免許証を紛失してしまったのですが、免許センターで免

財布と共に免許証を紛失してしまったのですが、
免許センターで免許証の再発行をしたら、以前に
使っていた免許証は不正利用されないということでしょうか？

いいえ、不正利用は防げません。ただ、それに法的に対抗できるだけです。
免許証を紛失で再交付した場合、紛失した免許証の12桁の番号は無効化されるので、警察に免許証として提示しても無効になります(犯罪になります)。しかし、免許証を本人確認書類として銀行などに提示する場合、銀行はその免許証が紛失再交付で無効になったものかどうかの判断はできません。警察のデータベースは一般からは利用できませんからね。つまり、紛失した免許証を拾った人間が、写真がよく似ているからと、そのまま「なりすまし」本人確認書類に使おうとすれば、防ぐことはできないのです。
警察に紛失を届け出るのは、紛失したという証拠を残し、後日に「なりすまし」の被害が発生した時に「それはオレがやったんじゃない」と証明するための証拠を残すためで、それだけの意味しかありません。
不正利用を防ぎたいなら、本人確認手段として提示されると困るところに、個別に連絡する必要があります。役場に連絡しておかないと、勝手に住所を移されたり、勝手に誰かと結婚させられたり、勝手にマイナンバーカードなどを作られたりする危険があります。また取引先銀行やカード会社にも連絡しておかないし、勝手に印鑑や住所を変えられたり、通帳を搾取されたり、カードを契約させられたりします。勝手に借金をされる恐れもあるので、信用情報機関に連絡しておく必要もあるでしょう。
免許証だけならそうそう借金はできませんが、財布ごとなくしている人は、保険証やらキャッシュカードやらクレジットカードやらも一緒に無くしていて、それを本人確認用に使われてしまうリスクが高いですよね。

交通違反等で警察等に提出したら
即座にその免許証は「無効」だと判別できますが
その他の機関に身分証として提出されたら
その免許が無効なんて事は解りませんからねぇ～
最悪金融機関での借り入れの際に全くの別人が
その免許証を使用する・使用される可能性は有りますね

その免許証を使って…というのはできないかもしれませんが個人情報は悪用されるかも。

免許証の照会をするような場面では不正利用は防げますが
個人証明書類としての不正利用は防げません。
もうすでにやっていらっしゃるでしょうが
まずは警察へ届け出ましょう。
私は警察へ紛失届を届け出、翌日免許センターで再発行の申請の手続きをした時
免許センターから公安委員会へ照会した際に警察署へ財布が届けられていたことが発覚し、再発行せずに済みました。

悪用されるかはなんとも言えませんが、少なくとも末尾の番号が変わるため、悪用されたとしても無実の罪を被るようなことにはならないでしょう。