普通二輪免許を持っていて、合宿で車の免許を取ろうとしています。

普通二輪免許を持っていて、合宿で車の免許を取ろうとしています。
免許なしの場合、合宿を卒業すれば実技はクリアで、あとは免許センターで学科試験を受けるだけだと思うのですが、
普通二輪所持の場合が、免許センターで学科試験も免除されるので、合宿卒業した時点で、車の免許が交付されるのでしょうか？
よろしくお願いします。

元指導員です。
交付されません。教習所は民間企業なので、運転免許の与奪権限を持っていません。
また運転免許試験は３科目あり、学科試験・技能試験・適性検査となります。二輪免許を保有している方で指定教習所を卒業すると、学科試験は免除、技能試験は合格の状態となりますが、適性検査を受けるために運転免許試験場で免許試験を受ける必要があります。

免許センターでの適性検査は必須の試験。
これに合格しないと技能・学科試験が免除でも
免許証は交付されない。

いいえ。合宿先はあくまでただの民間企業であり、免許をどうこうする権限はありません。最初に普通二輪を取得した時と同様に、運転免許試験場に行って「試験」を受けないと、運転免許は取得できません。ただ、既に普通二輪を持っているので「学科試験」は免除され、指定教習所の卒業で「技能試験」も免除なので、受ける試験は「適性試験」のみになります。
実際にやることは視力の測定だけなので、試験を受けている気にはならないかも知れませんが、あくまでそれは試験です。よって、試験をする施設の窓口に行くことになり、試験手数料を支払います。試験に合格してから交付申請で、新たに「普通」が追記された免許証が交付されます。

合宿卒業時点では合格証保有者となりそれから１年以内に
やはり免許センターへ行き、学科免除で併記の手続きと言って、視力検査や写真撮影してから新しい免許証が交付されます

教習所で卒業検定に合格して交付されるのは卒業証明書です。
学科試験、技能試験の両方が免除であっても、運転免許試験場（運転免許センター）で受験申請をしなければ、運転免許は交付されません。