普通2種免許を免許取得制度を利用して会社全額負担で取得した場合

普通2種免許を免許取得制度を利用して会社全額負担で取得した場合 何年か就業して自己都合で辞めたら免許費用は全額を会社に支払わなければならないですか？どなたか教えて下さい。宜しくお願い致します

その制度は公的なものではなく、それぞれの会社がやっている独自のものなので、どう運用されるかは各会社次第です。
一般的なのは、免許の取得費用は「給付」ではなく「貸与」、つまり従業員の借金であるとして扱い、3年から5年の一定期間中に分割して返す扱いにする、あるいは3年から5年の一定期間を勤続すれば返済を免除する、と言う形です。免除についても、一律全額にするのではなく、経過期間に合わせて減らしていく運用を取る場合がありますね。

会社に聞いて下さい。
まあ全額支払いはないでしょう。