免許更新でコンタクトするのですが、聞かれたらしてますと答えれば

免許更新でコンタクトするのですが、聞かれたらしてますと答えれば眼鏡等とか免許証に記載されるだけでしょ？
コンタクトしていることで検査がややこしくなることはないですよね？

聞かれて「してます」と答えれば、裸眼視力の検査が省略され、矯正視力のみ検査をします。特に難しいことはありません。
眼鏡の人も同じで、裸眼では間違いなく基準視力が出ない人は「眼鏡でお願いします」と言えば、わざわざ裸眼視力を測定せずに矯正視力を測定してくれます。

＞免許更新でコンタクトするのですが、聞かれたらしてますと答えれば眼鏡等とか免許証に記載されるだけでしょ？
その通りです。
＞コンタクトしていることで検査がややこしくなることはないですよね？
ややこしくはなりません。
イケメン検査員が貴方の眼をじっと見つめてコンタクトレンズの枠があるのか？を確認されるのはドキドキするかもしれませんが、残念ですがおっさんの検査員に貴方の眼をじっと見つめられるだけでややこしくはなりません。
目が細いと上下目線を変えて貰ってコンタクトレンズが入っているのか？確認される場合がある程度です。

コンタクトやメガネを掛けてるから視力検査に追加で何かされるとかはないですよ〜！裸眼と全く同じ検査をするだけです！