コンパクトカーの中古を買ったのですが、低回転のトルクがスカスカ

コンパクトカーの中古を買ったのですが、低回転のトルクがスカスカです。
エアクリーナーが改造してあるのと関係があるでしょうか？
純正にもどせば普通に走るようになるでしょうか？

スッカスカのエアクリなら、あり得ます。

トルクはフルノーマルの方が出ます。と言うか純正ECUならフルノーマルが最適。
ただエンジンの癖(出力特性)はその程度では直らない。下のトルクがないなら並みの努力程度で改善は無理。
スカスカを改善したいなら排気量アップするとかしないと無理だけど排気量上げたら上げた先の排気量と同じ車と比較するとやっぱりスカスカです。

エアクリ以外アフターパーツが付いていない事を前提として、エアクリの形状にもよりますが、毒キノコ型のエアクリのみポン付けした状態なら、トルクは落ちます。

マフラー変わってませんか？
エアクリでそこまでの変化は分からないと思うので、違う要因かと。