障害者が運転免許をとる場合、初めに教習所に行くと、まずは安全運転相談

障害者が運転免許をとる場合、初めに教習所に行くと、
まずは安全運転相談窓口に行ってくださいと言われますか？
そう言われないで、教習所が独断で適正ありと判断する場合はあるのでしょうか？
また、安全運転相談窓口で一度不適と判断されてしまうと、症状が良くなっても
適正ありとならないのですか？

教習所には障害者が運転免許の取得に必要な適性があるかどうかを判断する権限がありませんので、確実に適正がある方以外は入校前に安全運転相談窓口に行くように言われます。
安全運転相談窓口で一度不適と判断されても、不適の原因が改善された事を医師が証明してくれれば「適正あり」となります。

症状や障害の程度、県の取り決めによって異なります。
指先の少しの欠損くらいであれば、免許科へ電話での確認のみでいい場合もありますが、状態に応じて安全運転相談窓口を案内する場合があります。
なので、気になるのであれば先に相談に行くことをおすすめします。
私は教習所のものなので適正相談窓口のことは詳しくはありませんが、症状の緩和に伴って医師の診断書付きであれば確か再度相談できたかと思います。

主治医に免許取得の相談をすると警察署に申請書を提出後、許可証を発行していただきその許可証と共に教習所へ入校という流れではないでしょうか？