合宿免許で門限が夜の０時なんですけど、 - ちょうど０時に寮に帰って

合宿免許で門限が夜の０時なんですけど、
ちょうど０時に寮に帰ってくると次の日学校に連絡して判断するが退校処分と言われました。話を聞くと警備員が僕が帰ってきた時の時間が12時5分だったと言っていました。学校に着く前に時計を見ていたので0時で間違いありません。納得できません。この場合どうなるんですかね。

先に、今後はこのようなことがないように気をつけますので、どうか退校処分は勘弁してくださいと謝罪してください。
あなたが合っているのか、警備の人が合っているのかはわかりませんが、0時ぴったりに帰ってくればいいという考えがちょっと不味かったと思います。
経緯は教習所へもお話になればよいとは思いますが、今後はこのような事が起こらないように、遅くまで外出する時は、門限より少し早めに余裕を持って帰ってくるようにしますとお伝えになればよいでしょうね。

寮に備え付けの時計で見ることが多いでしょうから、
それが基準で、その場では「正しいこと」になるでしょう。
→電波時計の正確な値より、寮の時計で全て時間管理している。
その場合、
寮の時計が、電波時計の時間より5分進んでいたとしても、
それで管理されている以上、従うしかないでしょうね。

0時までにという事は23分59分59秒までということですよ。

備え付けの時計が「正」です。
うちの会社のID打刻機は私の腕時計(電波時計です)とズレてますが、その時計の時間で管理されてます。

あなたが0時「以前」に寮の中にいた事を証明する必要があります。
それがありますか？
それがなければ、警備員が記録した時間が証拠になります。