ワーホリに2025年から3年間行く予定ですが車の免許更新が2026年

ワーホリに2025年から3年間行く予定ですが車の免許更新が2026年にあります。この場合、免許失効扱いになりますか？

https://www.keishicho.metro.tokyo.lg.jp/menkyo/koshin/koshin/koshin06.html
更新期間内に更新手続きができなと見込まれる場合は、更新期間前の更新手続きを済ませてから渡航してください。
更新期間に入る何か月前から等の決まりはありませんので、いつでもできます。
ただし、更新手続きを行った日から3回目もしくは5回目の誕生日の1か月後が有効期限の運転免許証が交付されますので、渡航前に誕生日が来る場合は誕生日以降の更新手続きをお勧めします。

2026年の更新期限が，一回目のビザの期間内であれば，事前に更新しておくことができます．

一時帰国で更新するか、失効させて学科・技能免除で取り直すか、他の回答者さんのとおり滞在先で免許を受け、帰国後「外国免許切替」かですね。
具体的手続き（滞在先の免許を除く）は、運転免許試験場に相談すれば教えてもらえます。

失効扱いでしょうね。
元々、ワーホリビザは1年だけですので、3rdビザまで取れるとは限りません。
帰国できない特別な事情という訳ではないので、事前の許可は下りないでしょう。
そんな方は現地ライセンスに切り替えれば済む話です。
書類を書いて現地翻訳の書類と一緒に提出するだけですので、そんなに難しくはありません。