今、大型二種免許を取ってるんですが、ギアチェンジする時にガタガタってなって

今、大型二種免許を取ってるんですが、ギアチェンジする時にガタガタってなってしまいます。2→3にしたときクラッチをゆっくり離してもなるのは、速度が足りてないからですか？
後停止するにあたって4→3→2って順番にしないといけないですか？4→2にしても大丈夫ですか？

日常的にMT車を運転している人なら大型車のエンジン特性はむしろ扱いやすく感じると思いますが、こういう質問をするあたり、MT車自体に不慣れなのでしょう。ま、時間をかけて慣れるしかないですね。
2は発進用のギアですので発進時以外はほぼ使わないです。2で引っ張る必要はなくタイヤが転がりだしたら3に入れていい位です。通常は数m位で3に入れればいいでしょう。
シフトアップ時にクラッチをつないだ瞬間に前のめりを食らうのはエンジン回転が落ちすぎた状態で急激にクラッチをつないだためですが(この時の衝撃があまりにも大きいとギアのバックラッシュでガタガタと何度も衝撃を食らいます)、これを防ぐにはシフトアップ時にはアクセルを残したり(完全に戻さない)、クラッチをつなぐ前にアクセルを踏んでエンジン回転数を上げておくのが基本ですが(シフトアップ後のエンジン回転数位にあらかじめ合わせておいてからクラッチをつなぐのです)、慣れておらず回転合わせができない人はエンジン回転数を上げ過ぎない方がショックを小さくできます。1500rpm位まで引っ張らず1000rpm位を目安にシフトアップするとよいでしょう。
停止に備えての減速時は飛ばしシフトでいいです。再発進や再加速の前に変速が終わっていれば問題ありません。

バスに限らず、エンジンの回転数とギヤがあってないだけです。マニュアルにまずは慣れましょう。
もしくは、まさかの3速ではなく、5速とか…
ちなみに大ニの減速シフトは教習所では教えないとおもうんですが…大丈夫というか、免許取る前なら、止まる為の減速シフトはやめた方がよいかと…試験場なら落とされるかと。

速度が足りないかシフトアップのタイミングが早すぎる

単純に速度とエンジン回転数が、合っていないだけ。
速度とエンジン回転数を合わせて、スパッと瞬間的につなぐのが当たり前。

逆に2速でひっぱり過ぎてるのでは。教習の速度なら2速で発進して動き出したらすぐに3速に入れて丁度いいですよ。停止するとき順番に落とす必要はありません。停止するなら４からNですよね？２に入れる意味が分からないです。

＞ギアチェンジする時にガタガタってなってしまいます
速度が足りない
クラッチの繋ぎ方が悪い
＞停止するにあたって4→3→2って順番にしないといけないですか？
その必要はないです
4でアクセルを離して減速、ブレーキで減速、そのまま停止
その後2速に入れる。で良いです。
通常通り前を予測して走ってれば3に入れる必要はないです
3に入れるってのは、そこでエンジンブレーキが必要だったって事です
必要無い運転を心がけた方が良いです