免許証の写真ですが、持ち込みの場合は免許センターのみというの

免許証の写真ですが、持ち込みの場合は免許センターのみというのはどういう理由なんですか？

提出された写真をスキャン処理する設備と人員を、そこにしか配置していないからですね。警察としては膨大な更新事務をできるだけスムーズに処理したいので、手間のかかる「持ち込み写真」はできれば拒絶したいんです。でも、免許証の写真の出来を問題にする人達がどうしても一定数出るので、やむなく窓口を限定して「持ち込み写真での更新」を認めている、ってことです。
なお、大阪府の場合は警察署での更新では「写真持ち込み必須」ですが、これは各警察署に免許証用の写真撮影装置が導入されていないので、旧来の「免許証の写真も本人に持ってこさせる」運用が継続されているだけです。いずれ各警察署にデジタルカメラが配備され。持ち込み写真は要らなくなるでしょう。

大阪府では、警察署で更新する場合は持ち込みのみみたいです。

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作成する機械が免許センターにしか配備がないからでは？
知らんけど

それぞれの都道府県公安委員会の考え方次第です。
持ち込んだ写真がそのまま貼られるわけではないです。
写真をスキャナで取り込んで、免許証台紙に印刷します。
その機械の数が多くは無いってことです。