免許更新のために証明写真を証明機で撮ったのですが、サイズが、

免許更新のために
証明写真を証明機で撮ったのですが、

サイズが、0.1ミリ違います
持ち込みで作成希望の方の注意書きには
3センチ✖️2.4センチ

証明写真機で撮ったものは
しっかり、免許証用なのですが、
3センチ✖️2.5センチ

です、、、
これは使えないと言われてしまうのでしょうか、、、

まあ大丈夫でしょう

サイズの違いは「0.1ミリ」ではなく「0.1センチ」ですよ。0.1ミリなんて、人間に認識するのは困難です。
証明写真機では、履歴書用などの 3cm x 2.5cm の規格だけが用意され、運転免許申請用の 3cm x 2.4cm はそれを切って使え、となっているのが普通です。どうせ、一続きのプリントとして印刷され、利用者がハサミで切り離して使う形になっているでしょうから、自分で切る際に左右を0.5ミリずつ狭くするだけで済む話です。
また、仮り 3cm x 2.5cm で切られた状態で出てくる機械があるとしても、それを自分でハサミで、左右を0.5ミリずつ切り落とせばいいだけの話です。問題視するようなことではないですよ。

問題無いレベルです。
これで文句を言うなら自分達の仕事を増やすことになりませんか？

それだと、違いは１mmでは？
大きいのは切ってくれるかと。