車の免許とる時に学科試験あると思うんですけど、学科試験をクリアした後に、

車の免許とる時に学科試験あると思うんですけど、学科試験をクリアした後に、車の免許より先に原付の免許の発行って出来ますか？

できないです。
どうしても先に欲しいのなら、学科で交通ルールは全体的にわかった、という時点で原付免許試験を受けて取るといいです。

同じ日に普通車と原付の両方の試験を受けることはできません。
普通車に合格して免許申請を行わずに次の日に原付の免許を受けることはできますが無意味＆金と時間の無駄です。

普通免許を取るとき、
免許センターの学科試験に合格すると、
その日のうち（２時間後とか）に
普通免許が発行されてしまいます。
（この２時間というのは、顔写真を撮ったり
安全運転の講習を受けたり、待ち時間だったりします）
普通免許が発行されたら、それで原付バイクに乗れます。
たとえ１時間早く原付免許が
発行されたとしても、その１時間後には
普通免許が併記されるので、
原付に乗る時間がありません。

質問としては、仮免を持っている状況で一発試験で学科試験に合格したら原付の免許が発行されるか？という質問ですか？
されません。
教習所を卒業し、本免試験に合格したら原付の免許を発行してもらえるか？という質問だとしても、
されません。
そもそも普通自動車の免許を取っても原付の免許は交付されません。ただ乗ってもいいだけですから。

普通免許を取っても原付免許を取った訳じゃありませんから、当然原付免許をもらうことなどできません。
原付が運転できることと、原付免許を取得することとは別のことです。