深視力が一度で OK が出ずに、奥に通されたことは、私も経験があります。ただ、奥の旧来の検査機で OK がでれば、更新は可能です。それでも合格できないときは、改めて更新にくるか、更新を断念するか、を選択することになります。検査手数料についての取り扱いがどうなるかは、正直わかりません。単純に考えると、一度検査には入ってしまうので、戻ってこないのではないか、と思います。
深視力に不安がある場合、一度眼鏡屋さんなどに相談してみるのもよいと思います。メガネなどで補正できる部分もあるそうですし、合格しやすいやり方もあるらしいという噂は聞いたことがあります。