一度免許返納後に再度免許センターで取り直そうとした時、受付で一度

一度免許返納後に再度免許センターで取り直そうとした時、受付で一度返納されてますがなぜですか？と聞かれましたが、免許センターではそんな事まで全部データとしてＰＣ上で分かるようになってるんですか？
悪質な違反とか、無免許や飲酒など犯罪の類なら分かりますが返納したかどうかまで記録されてるもんなんですか？これ他県で免許を取り直してもやはり返納したかどうか分かるんですか？

はい、運転免許ネットワークで、免許センターや警察署の交通課では全国で確認出来ます。

そうです。
県警（ローカル）のデータベースではなく警察庁（全国区）のデータベースですから。

そりゃそうです。
一度免許取得したら、
全ての違反や処分や取得返納履歴は、
完全データ化され、全国で共有されます。
そうしないと、免許不正取得防げないです。

記録は当然残りますよ。だって、A県で返納した記録がB県で参照できなかったら、B県で再交付申請したら免許証出しちゃうでしょ。返納は「そんな事」じゃないんですよ。
わざわざ聞いたのは、一旦返納したのにまた取り直す、と言うのが不自然な行為だから、本人確認を兼ねて色々尋ねようとしたのでしょう。他人がその人になりすまして免許を取ろうとしているのではないか、くらいは疑うでしょうからね。

免許に値する能力があれば、取り直せます。返納データは管理されています。

いつ、何によって、免許失効か記録していますよ。
記録していなければ更新案内送ってしまいますよね。
再受験の際に、欠格期間かどうかの確認も出来ますしね。