ステップワゴン Wagonに乗っています。四輪ディスクブレーキなのですが

ステップワゴン Wagonに乗っています。四輪ディスクブレーキなのですが、右後ろのみ、パッドが減ってしまい残り「0」でした。他のブレーキパッドは走行距離並みの減り方でした。
新車から3年、走行距離は3万3000程度。田舎道なので、都会ほどブレーキを踏むことは少ないと思います。
原因や補償対象になりそうかご意見をお願いします。

消耗品ですが極端にかた減りしてるなら強く抗議しましょう。ピストンの固着かパーキングブレーキの異常です。

3年間点検無しですか？
そもそもブレーキパッドは消耗品ですから保証外でしょう。
法定12か月点検をやってれば一カ所のみ減りが早ければわかるはずで
対策も可能だったはず。
原因はここで聞かれてもわかりません。

まず（メーカー）保証対象かどうか？
ホンダのHP確認してみると、新車登録から3年間または３年以内でも
６万キロまでの「一般保証」と新車登録から5年間または5年以内でも
10万キロ以内の「特別保証」があります。
「特別保証」の項目内にはブレーキは含まれません。
必然的に「一般保証」にはなります。しかしその一般保証ですが
ブレーキは「消耗品」ですから、おそらく「対象外」にはなると思います。
黙っていれば「実費修理」にはなろうかと思います。
車検ってことで事前見積りのために点検し発覚とのことですが、
それまでに12ヵ月点検とかやってなかったんですかね？
新車買って3年間一度も購入店で見てもらわなかった？
もしそうなら惜しいですね。24ヵ月目で例えばブレーキフルード交換
のための入庫とかしていたなら発見出来たことかもしれません。
消耗品でそもそも一般対象外とはいえ、一輪だけそんな症状だと
ディーラーからメーカーへ言って何とかなったかもしれません。
ここから先は購入店次第でしょうけど、質問者さんとしては
「（購入して３年の間、点検にも出してしたのに）それを発見
出来なかった店が悪いのでは？新車時から引き摺り（のような症状？）
でパッドが限界まで減り、なおかつブレーキディスクまで
影響が出ているかもしれない、という個体を販売した」という
交渉材料（文句）はあるとは思いますよ。
3年ほどで一輪だけそこまで減るって、、、
明らかに新車時からおかしいです。
キャリパーやピストンに問題ないってことですから、
センシングのブレーキ連動システムに異常があった、、とか？

右後ろのブレーキキャリパーのピストンの戻りが悪いのいでしょう。
それでブレーキパットを引きずり摩耗しているのでは？
保証期間なら 保証で無償修理（パット交換＋キャリパーO/H）してもらえるのでは？
ホンダは、クレーム対応が良いメーカーです。
キャリパーピストンの戻りが悪く引きずりを超す要因として パットの摩耗粉が多く付着したのでは？

アタリが強かった事 加減速が多いとパットは減りやすいです
そもそもパットにも当たり外れはありますので右後ろだけ外れであった事でしょう。
基本的にぱっとは新品状態で8～10㍉程度あります 1万㌔で1.2～1.5㍉程度減るでしょうから通常車検合格ラインまでとなると5～6万㌔程度で残数はなくなる計算です
速すぎるとは思いますが 消耗品なので保証の対象外となる事があるでしょう
またローターの方も引きずりを起こしていた場合変形している可能性が考えられます 新車ディーラーの整備士（マネージャー）等と相談して交換するなりブレーキのオーバーホールなりしてもらった方が良いかもしれませんね！！