よく自動車学校では「自動車免許と自動二輪の同時取得」などと謳っ

よく自動車学校では「自動車免許と自動二輪の同時取得」などと謳っていますが、免許センターにはそれぞれ一回ずつ、計二回行かなければならないんですか？

一度で大丈夫です。
自動車と自動２輪の卒業証明書を提出すればいいんです。
費用は１種類の場合より若干高くなるけど、学科試験も適性試験も一回で済みます。

いいえ。一度で大丈夫です。
一度分（一車分）＋200円位で追記出来ます。（増税後で若干の差はあるかも知れませんが）