普通自動二輪を持っていて、普通自動車免許を取得する場合に免許不保

普通自動二輪を持っていて、普通自動車免許を取得する場合に免許不保持として教習に参加した場合どうなるのでしょうか。
また、その条件でローンを組んでいたらどうなりますか？
単純に疑問に思ったので質問させていただきました。

免除になるはずの、
・ほぼすべての学科教習
・学科試験
の費用が無駄に発生します。
費用にして15万円ほどの無駄。
当然ローンの返済額も高くなります。

本来やらなくていい教習を受ける羽目になり、本来払うべき金額よりも高額（免許不所持者と同じ）になるだけです。
ローンと教習所は関係ありません。
ローン会社は申請に基づき、教習所にお金を払い債務者から回収するだけ。
教習所は申込み内容に従って教習するだけですから。

普通自動二輪を持っていれば、実技だけで良いのに、余計なお金を払って学科科目をを全て受けるはめに成ります。

教習所は民間企業で、免許の有無を警察に照会できる立場ではありません。最初に免許を所持していないと申告すれば、免許を所持しているかどうかをわざわざ確認することはせず、そのまま免許の無い人間として教習を受けられると思いますよ。なお、教習費用のローンは、教習所ではなくローン会社とする契約ですので、一旦成立し実行されれば、以後は教習所は無関係です。
ただ、教習所を卒業する際に作って貰える書類が「免許を持たない人」用のものになり、それを試験場に持参しても受験申請ができませんので、必要書類を自分で作り直す必要がありますね。