原付バイクについて質問なんですが、今の時代原付バイクは運転免許取れば一緒に付い

原付バイクについて質問なんですが、今の時代原付バイクは運転免許取れば一緒に付いてきますよね？それとも原付バイクは原付で別に試験を受けるんでしょうか？

普通自動車免許を取得しても原付の免許は付いてきません。ただ、普通自動車免許があれば原付の運転ができる、ということです。
免許を取得すると免許証の免種欄に「普通」とか「原付」などの免許の種類が記載されます。
いきなり普通免許を取得すると、免種欄には「普通」という文字が入ります。「原付」の文字は入りません。でも原付を運転することはできます。
「原付」の文字を入れたければ、普通自動車免許を取得する前に原付の試験を受けて、原付免許を取得しておかないといけません。

AT限定免許でクラッチが何なのか知らん奴でも、原付MTが乗れるのが不思議。

技能試験が無い原付・小型特殊については、普通を取得すれば運転することができます。
なお、｢付いてくる｣のではなくて、｢運転できる範囲に含まれる｣です。

「原付バイクについて質問なんですが、今の時代原付バイクは運転免許取れば一緒に付いてきますよね？」
？。運転免許を取得しても、誰もあなたにバイクをプレゼントなんかしてくれませんよ。
原付免許で運転できる原付(50cc以下の二輪車)は、技能試験のない原付免許で運転できる車両です。なので、原付免許より上位の免許(小型特殊自動車以外の免許)を取得すれば、運転可能な車両の範囲に、原付が含まれます。わざわざ原付免許を所得しなくても(と言うか、取得することはできませんが)、原付を運転できます。

普通車の運転免許があれば原付には乗れる。

ついては来ませんが、下位免許になる原付は運転できます。