来年の夏に運転免許更新します更新で免許センターに行きますがその時に運転免許証

来年の夏に運転免許更新します
更新で免許センターに行きますが
その時に運転免許証とマイナンバーカードを
一緒に提出すれば一体化してくれるでしょうか？
運転免許証だけ更新しておいて
それから市役所へ？

更新窓口に行くだけです。マイナンバーカード自体の発行や管理は市町村と特別区の役場の仕事ですが、マイナンバーカードに運転免許証情報を登録する手続きは、更新窓口など警察の施設でできるようになる形ですね。
注意点として、マイナンバーカード自体にも有効期限はあり、免許の期限とは連動しません。そのため、マイナンバーカードの有効期限が到来してカードを作り直した場合、そのままでは免許証情報が登録されない(旧カードから引き継がれる訳ではない)ので、改めて警察署などに行って登録作業をする必要があります。

ピコ太郎に頼めば一体化してくれますよ。