車の免許をとりたいのですがMTもほしいと思っているのですがATとってからMT

車の免許をとりたいのですがMTもほしいと
思っているのですがATとってからMTとるのと
最初からMTとるのどちらが安いですか？

最初からMT。
MTで所内から路上まで教習できるのが強みです。補習など恐れず、MTを強く推奨します。

教習料金的には、補習を考えなければ、最初から限定なし免許を取るほうが安くはなります。ただし、変速操作が入ることで、他の操作にも影響が出てくることも事実なので、その意味で、慣れるまでに時間を要すれば、限定なしで免許取得で補習を重ねるよりも、AT 限定で補習なしで進めるほうが、安くなることはあり得ます。
なので、教習中に、どれだけ自分で身に着けることができるか、という部分で、どちらにも変わるところです。私は、届出教習所でしたが、大変厳しいところでしたので、第二段階で、4時間以上補習を受けました。最初は、なんでこんなに進ませない？と思いましたが、免許を取得した後では、あそこできちんと身に付けていたら、その先がスムーズに終えることができたんだな、と理解できるようになりました。
後は、投稿者さんの判断です。

通常は最初からMTです。
ATからの限定解除はマニュアルでの「路上運転」がありませんのでそれを自分で経験上のメリットと捉えるかデメリットと捉えかですね。

普通免許は基本的にMTで、ATだと普通免許AT限定となりAT車のみが運転可能となります。
AT免許取得後に、やっぱりMT車に乗りたい場合はもう一度教習所に通いAT限定解除の教習を受けて合格しなければいけません。
再教習分の教習代金が発生します。(いくらかは教習所によって違う為わかりません)
MT教習は難しいけど、合格出来たらMTもATも乗れるからMT一発で取得したほうがが私はいいと思います。

AT→限定解除、の方が安い場合もあります。
最初からMTで取るなら、ハンドル、アクセルブレーキ操作に加えて、厄介なクラッチ、シフト操作を同時に覚える必要があり難易度が高いです。
人によっては補修が多くなったりします。
AT→限定解除だとハンドル、アクセルブレーキ操作を覚えた後で限定解除すれば、段階的に覚えることになるので難易度が下がります。