クラッチを切ると音が消え、繋げるとゴロゴロと異音がしますクラッチ盤を交換して

クラッチを切ると音が消え、繋げるとゴロゴロと異音がしますクラッチ盤を交換しても直らない場合は何が原因だと思いますか？

普通に考えてミッション内部のベアリングでしょうね

レリーズベアリングですね。
なんで一緒に交換しなかったのですか？

エンジンを停止してクランクプーリとブロックの間にバールを差し込んでこじってやる。プーリが前後に動く場合はクランクのスラストメタルの摩耗か脱落です。
実際にこれでリコールが発生中です。

クラッチを換えたということはレリーズベアリングも換えてるでしょうから、ミッションのプライマリかセカンダリシャフトのベアリングでしょうね。
ニュートラルにしてもシャフトは回りますのでその音かと思います。

レリーズベアリング。
クラッチを切る→レリーズベアリングはレリーズフォークに押されている
クラッチを離す→レリーズベアリングはフリー
レリーズベアリングは基本的にクラッチ交換時に同時交換するもの。
レリーズベアリングを交換せずにクラッチディスクとカバー交換しただけなら当然の結果。
レリーズベアリングやパイロットベアリング(ありの場合)も同時交換して発生しているなら、ミッション内部である可能性が高い。