免停中に他県で車を運転しており、一時停止無視で警察に見つかりました。その後

免停中に他県で車を運転しており、一時停止無視で警察に見つかりました。
その後、免停期間が終わって免許をとりにこいと警察の方から言われました。
私は免許取消だと思ってたのですが、これは警察の手違いですかね？

手違いではございません。
質問者さんは現在のところ、取消処分の基準点数に達している状態に過ぎず、意見の聴取を開催して、質問者さんが意見を述べる機会を与えた後でなければ、取消処分を行うことができません。
取消処分を受けるまでのしばらくの間は運転をすることができますので、運転免許証の返還を受けに行ってください。
今後、1～2ヶ月程度で意見の聴取通知書が郵送されてきますが、意見の聴取が開催されれば、取消処分が決定します。
取消処分を受けるのはその時です。

免停中に他県で運転し、一時停止無視で警察に見つかった場合、通常は「無免許運転」に該当するため、重い場合は免許取り消しの行政処分が科されることもあります
交通違反の処理において、警察や運転免許センターでの手続きに時間がかかる場合があり、無免許運転の記録が即座に免許取消の手続きに反映されていない可能性もあります。

無免許運転に対する処分が確定する前に、免停期間が終了してしまい、警察から免許更新に関する指示が来た場合もあります。無免許運転の処分は警察からの通知後に行われるため、その間に免許が一時的に再発行可能な状態になっていることがあります。他県での違反があった場合、違反記録が居住県に伝達されるまで時間がかかることがあるため、免停終了後に免許が発行できる状態になっている可能性もあります。
実際には、無免許運転をした事実が確認されると、再度の免停や取消処分、または違反点数の加算による免許の停止処分が科される可能性が非常に高いです。警察からの連絡を待ちましょう。

そんなことどうでもいいです。
あなたは車の運転しないでください。