現在、スペアキー埋め込むタイプのエンジンスターターを使っているのですが

現在、スペアキー埋め込むタイプのエンジンスターターを使っているのですが、そのエンジンスターターを取り外せば埋め込んでいたスペアキーはまた使えるようになりますか？

エンジンスターターは車載してたスペアキーを「車両のキー」として機能していたのですから、当然使用可能です。