素人です。プラサフのベースカラー塗装前の研摩で800番空研ぎで研磨したのですが

素人です。プラサフのベースカラー塗装前の研摩で800番空研ぎで研磨したのですが若干サフのボコボコしてる感じが見えます。このまま色を入れるとボコボコが浮いて見えてきてしまいますか?

水やシリコンオフを研磨したところに掛けてみて、ボコボコに見えればカラー入れても同じです。
通常、ボコボコはその状態が残ります。

それは面出しやフェザーエッジ(塗料やパテの段差)が取れていない。
面出しが出来ている箇所なら800番でも構わないが、サフの際やパテが入っている様な箇所でサフを入れてあっても面出しや際のフェザーエッジ取りは400～600番で研ぎ出しをしてから600～800番でフィニッシュしなければならない。
サフは下色ではなく下地剤、基本的にはサフ前から面出しは必要。