私は2輪の免許をもっていて、もうすぐ普通自動車の教習がおわって教習所を卒業し

私は2輪の免許をもっていて、もうすぐ普通自動車の教習がおわって教習所を卒業します。
2輪の免許を持っているので、学科が免除されるのですが卒検が昼頃までかかります。卒検が終わってその日のうちに免許センターで免許交付はしてもらえますか？午前中だけでしょうか？

それはあなたがいく試験場次第です。
全国統一ではありません。
ある程度、試験場には裁量というのがあるので、午前中だけとか午後だけとか、両方行けるとか違いがあります。

都道府県によって受付時間は異なります。

卒業検定が昼頃までかかる場合、免許センターでの免許交付は都道府県によって異なります。一般的には、卒検後に免許センターで手続きを行えば、2～3時間で免許証が交付されることが多いです。ただし、具体的な手続き時間や受付時間は各都道府県の警察のホームページで確認することをお勧めします。

2輪免許をお持ちの方が普通自動車免許を取得する場合、学科試験が免除されるため、卒業検定(卒検)のみを受ける必要があります。
卒検が終わった後の免許交付については、以下のようになります。
・免許センターでの免許交付手続きは、通常午前中のみ行われています。
・卒検が昼頃までかかる場合、その日のうちに免許センターで手続きを済ませることは難しいでしょう。
・卒検終了後、教習所から免許センターへ移動する時間も考慮する必要があります。
したがって、卒検が昼頃までかかる場合は、その日の免許交付は難しく、翌日以降に免許センターを再訪する必要がある可能性が高いです。教習所の方に確認するのが賢明でしょう。