運転免許について質問です。原付免許の初心者期間中に違反をしてしまい初心者講

運転免許について質問です。原付免許の初心者期間中に違反をしてしまい初心者講習になったんですがそれに行かずその後にきた再試験にも行かなかったのですがまだ免許取り消しの通知が来ていません。
ここで質問なんですがこの状態で免許センターで普通自動車の学科試験を受けて合格した場合どうなるのでしょうか

特に問題ありません。
原付免許の取消処分を決定するには、初心者講習の不受講や再試験の不受験にやむを得ない理由（入院、海外渡航など）があったことなどを弁明する機会を与える目的で意見の聴取を開かなけれならない決まりになっていますので、再試験不受験で即取り消しにはなりません。
今後、意見の聴取が開かれる日を通知する意見の聴取通知書が届きますが、通知が来ても、意見の聴取が終わるまでに本免学科試験に合格をすれば、原付免許を残したまま、普通免許を取得できます。
意見の聴取が終わった後であれば、原付免許の取消処分が決定していますので、先に原付免許の取消処分を受けてから、本免学科試験を受けることになります。
遅くなっても普通免許の取得は問題ないのですが、原付免許の取消を受けるというひと手間が増えますから、早めの受験をお勧めします。
なお、意見の聴取に出席をする必要はありません。
普通免許を取得すると、初心運転者期間制度はゼロから始まりますが、点数制度においては原付での違反点数が残っていますので、気をつけてください。
例えば、原付で合計4点の違反をしていると、2点以上の違反をして累積6点以上に達すると、違反者講習や免許停止処分の対象になりますが、1年を無事故無違反で過ごせば、累積0点です。
また、普通免許で初心運転者講習の受講対象になったときは、原付免許と違い、初心運転者講習を必ず受講してください。
再試験には技能試験があり、まず合格できませんので、講習を受けて再試験自体にならないようにする必要があります。

原付免許が失効して普免が交付されるかと。
普免は、原付の上位免許なので