運転免許申請書にic免許証の暗証番号を記入せよとあります。好きな番号

運転免許申請書にic免許証の暗証番号を記入せよとあります。好きな番号でいいのですか。すでに別の免許を持ってます。

ええ。既に何かの種類の免許を持っているかどうかに関係なく、新規、併記、更新で免許証を新しくする時には「新たな暗証番号の指定」を求められます。その番号は自由で、前回指定したものと異なって構いません。
ただ、都道府県によっては下4桁しか選べず、8ケタ(4桁+4桁)全てが自由に指定できる訳ではないみたいですね。