新車購入後に部品の不具合などでディーラーに対応してもらう場合、

新車購入後に部品の不具合などでディーラーに対応してもらう場合、保証期間内なら無料ですが部品代と工賃はメーカーから出ているのですか？

部品不良なら、そうです。

そうです。メーカーに請求したら規定の部品代と工賃を払ってもらえます。
もっというと、購入部品の場合は（車の場合ほとんどそうですが）自動車メーカーはその部品を作った部品メーカーにその金額を請求していますから、最終的には部品を作ったメーカーが負担している事になります。

メーカーに対して工賃と部品代を請求してます。
色々とレポート的な物を書いて出してるようです。
外車だと保証修理に出来るように努力するけど通るか分からないので一旦は部品代、工賃を払って欲しいと言われる事が有ります。

その通りです。

購入後メーカー保証期間内であれば 保証内容にもよりますが・・・
基本的には内部留保というものがあるのでそこから出しています