車のECUが壊れてしまい中古でスマートキー付きのECUを買っ

車のECUが壊れてしまい中古でスマートキー付きのECUを買って対応しようと考えているのですが修理工場の方からイモビライザー付きと言う事でキーシリンダーから全部交換って言われたのですがメカニカルキーは今
使っている鍵のをそのまま使うって事は無理なのでしょうか？

イモビライザーは１種類ではないので、すべてが同じとは言いませんが構造としては、キーに内蔵されたトランスポンダの信号を読み取って、始動の可否を判断する、、というものです。
スマートキーの場合は無線式で、物理キーの場合は接触検知のものと、近距離通信のものがあります。
いずれの場合も各鍵に内蔵されているトランスポンダのユニーク信号を、予め車輌側に登録しておいて、照合されれば始動できるというものですから「登録さえされていれば、始動は可能」ということです。
では、登録できる数についてですが、数量に違いはあれど必ず上限数が設定されています。スペアキーも考慮して3つくらいの場合が多いようですが、必ず3つ出来るわけでもありませんし、ユーザー操作でリセットができないものもあります。
リセットが可能なタイプは、追加時には全ての鍵を再登録する、、という手順のものが多い印象です^^*
つまり、スマートキーにせよ、物理キーにせよ、登録さえすれば使えますし、シリンダー/物理キーの組合せに変更がないなら、新しいECUに旧物理キーを登録すればいいだけです。
ただ、前述のとおり登録数に上限があるため、仮にスマートキーと物理キーに搭載されているトランスポンダが全く同じものになるように設定されていて、登録可能な数が１つのみ、、というようなシステムであれば、工場側が言う対処しかなくなるのは理解できます。
イモビライザーが搭載されているので、スマートキーに合わせた物理キーが必要になり、それに応じてシリンダーも交換が必要になる、、、という流れです。
(いちおう、可能性のハナシをしているだけで、、実際にはこのケースはかなり稀だと思います。
理由は、どちらか一方を紛失した際に残った方のトランスポンダと全く同じものを内蔵したスペアを用意しないといけなくなるためで、それを許容するとセキュリティが低下する(紛失した鍵の抹消ができない)のと、車輌側に新たなトランスポンダを登録できる方が圧倒的に効率がいいからです。)

車種や年式の情報も重要です。
トヨタのスマートキーは中古の再登録ができないため、白ロム化が必要で、ディーラーでは防犯のためやってくれません。
この場合、鍵屋が専用の機械で行います。
手持ちのカギを白ロム化し、中古のイモビに登録しなおせば、そのまま使えます。
普通の店では、このような登録はできませんので、まず鍵屋を探して相談してください。
特殊な作業になるため、料金もお高いです。（相手の言い値なので相場がない）

ディーラー行って、書き換えれば使えます。