トヨタダイハツショップでは、ダイハツディーラーでやってもらえる整備例

トヨタ YOYOTAダイハツショップでは、ダイハツディーラーでやってもらえる整備例えばOBDにパソコンを繋いでの設定変更はやってもらえるのでしょうか？

設定変更出来ても変更出来る項目のみ。
つまり元々カスタマイズ可能な設定で、ルームランプの点灯時間等やリヤワイパーのリバース連動等のON/OFFで車種や仕様等で変更可能な場合のみ。
何でも変更出来る訳では無く、元々備わる機能で仕様として変更可能な項目のみ。
必ずしも貴方が求める変更が出来るとは限らない。
機能として変更出来なければならない。
エンジンやミッション等のプログラム書換を望んでいるなら、それは無理な話で出来てもメーカーから提供される改修措置がある場合のアップデートのみ。
仮に性能を上げる目的のプログラム書換の場合には、出来ても解析済み車両のみで未解析の場合は出来る所は出来るが時間が掛かるしディーラー等では不可。

店や内容によると思います（可能な場合は当然有料整備、数万円程度必要）。
例えばアイドリングストップしない設定はやってくれる店とお断りする店がありますし、元々設定不可能な車種もあります。
専門ショップではお金払えば割とやってもらえますが、設定後にディーラーで
何かしらあった時にそれが明るみになると、内容によっては入庫お断りになる
場合もありますし強制的に元に戻される場合もあります。