トランスミッション系の故障の修理代が安い、車両価格が安い、燃費がA

トランスミッション系の故障の修理代が安い、車両価格が安い、燃費がATより少し良い、エンジンからの伝達ロスが少ないと言うメリットを持ってるのはまだMTですよね？

そうですね。中古車のプレミア価格は置いておいて新車でAT/MTの両方の設定がある車種は大体MTの方が安いですね。
あと、自分でギヤを選べるってことはエンジン回転数が管理しやすいって事です。この区間はトルクの出る回転数を保って走ろう、この区間は省エネ運転しよう、ってのが自在にできるのがMTのメリット。

車両価格は車種によって違う。
例えばGTRやランエボと言った車はオートマ車は安いが、MTはプレミアム価値が付与され高額になってます。