数年前自動車学校に通っていて仮免まで取ったのですが一身上の都合で

数年前自動車学校に通っていて仮免まで取ったのですが一身上の都合で退校をしました。
これから以前とは別の教習所に入校し1からやり直す予定なのですが、2回目の自動車学校であることはわかるものなのでしょうか。

別の教習所は勿論、例え同一系列の教習所であっても、本人が言わなければ、2回目かどうかは気にされないと思いますよ。公的に確認する手段も用意されていませんしね。
ただ、全くの素人ではない分、第一段階を教える指導員は「この人は以前に経験があるな」と思うかも知れませんね。でもまあ、それでどうこうなる事はないので、気にする必要はありません。

分かった所で何か問題でも？

多分分からないと思いますよ。教習車を事故などで大破したとかよほど悪目立ちしたりしてなければ。
同じ系列の教習所でもない限りデータとしては残ってもいないでしょうし横繋がりで分かるという事もないでしょうから。
それに知っている教官がいたとしても数年たっていれば結構な人数見ていますから、言わなきゃ分からないと思います。

数年前ですと仮免の有効期間切れですね。最初から受け直して下さい。あと言わないなら2回目とかは分かりません。

仮免の有効期間は6か月なので、過ぎていれば分からないと思いますが、過去に仮免を取った履歴が残り、それを調べることができるのならその限りではありませんね。
要は分かるか分からないかは不明と言う事になります。

分かるかも知れませんが気にする必要ないと思います。
卒業したけど免許は持ってない(免許センターの学科に合格しなかった)、卒業できなかった、期限が切れた、などたくさんの方がいるので全然大丈夫です。