自動車を運転していて、赤信号で止まっている時だけスマホを操作

自動車を運転していて、赤信号で止まっている時だけスマホを操作するだけでも違反になりますか？
青信号になっているかは都度確認はしていると仮定します。

道路交通法の携帯電話等の使用を禁止している条文にしっかりと「停止しているときを除き」って書かれています。
よって問題ありません。

赤信号で完全に止まっている時は違反になりません。

赤信号で止まっている時にスマホ操作しても違反にはなりません。

運転中になるから駄目でしょう。

完全に止まっていれば違反ではないと思いますね。
（うっかりブレーキを緩ませて、少しでも動いたらダメでしょう）

完全停止中なら問題ないです。